生信篇 | 宏基因组/宏转录组多功能分析软件【HUMAnN】

文本介绍了一款专门应用于宏基因组/宏转录组测序数据进行物种分类分析和功能（代谢）分析的多功能软件——HUMAnN(HMP Unified Metabolic Analysis Network)，该软件最早是由Curtis Huttenhower团队针对HMP项目而开发，截止目前已迭代了三个大版本， Github主页地址：https://github.com/biobakery/humann。

软件底层逻辑基于分层式搜索模型来构建：

• 多组学注释：不同组学水平的序列信息（基因家族、反应物、酶、代谢途径等）

• 功能注释精度：拼接后的reads进行组装，消除短序列带来的误差

• 标准化方法：triangular normalization，将基因丰度数据转换为(0，1)间的相对扩增指数(PRK)

• 可视化功能：Web页面展示

• 三大数据库：chocophlan、Uniref50/90、Mapping

分层式搜索和纯翻译搜索在模拟肠道宏基因组上的对比

分层式搜索和其他方法在计算微生物群COG丰度上的对比

HUMAnN通过将基因序列映射到已知基因家族，实现精确的功能注释，并根据注释结果重建微生物群落的代谢路径，揭示其代谢潜力。

1、Abubucker, Sahar, et al. "Metabolic reconstruction for metagenomic data and its application to the human microbiome." PLoS computational biology 8.6 (2012): e1002358.

2、Abubucker, Sahar, et al. "Metabolic reconstruction for metagenomic data and its application to the human microbiome." PLoS computational biology 8.6 (2012): e1002358.

3、Beghini, Francesco, et al. "Integrating taxonomic, functional, and strain-level profiling of diverse microbial communities with bioBakery 3." elife 10 (2021): e65088.