在对测序数据进行分析时，经常会碰到fasta文件的处理，如基因组组装、RNA-seq和蛋白质组学的分析等。使用现有的分析工具如SeqKit统计长度，往往需要手动筛选序列，再利用R或Python进行分析数据的可视化。这无疑是会导致操作的冗余且容易出错。本文介绍一款处理fasta数据的分析软件——SeqLengthPlot，其可将序列长度分析全流程（统计→筛选→可视化）整合为单一命令行工具，显著提升效率。
SeqLengthPlot是一种一体化序列长度分析与可视化工具，其主要功能是可对fasta文件进行统计。此外，还可对序列进行自定义长度的拆分，得到两种长度的序列文件（“长序列”和“短序列”）。同时，在分析过程中可进行直方图，直观展示数据特征。
git clone https://github.com/danydguezperez/SeqLengthPlot.git
python SeqLengthPlot_v2.0.2.py -i input.fasta
python SeqLengthPlot_v2.0.2.py -i Assembly_Ss_SE.Trinity.fasta -o output --cutoff 1000 –nt --showplot
发现直接执行上述命令会发生错误
原因是TkAgg是Matplotlib 的交互式后端，依赖 tkinter（Python的GUI 库）。在 Linux 服务器等无显示器的环境中，GUI不可用，导致此错误。这里解决的方案是使用非交互式后端（如Agg），并执行以下命令：
python SeqLengthPlot_v2.0.2.py -i Assembly_Ss_SE.Trinity.fasta -o output --cutoff 1000 --nt --showplot --backend Agg
成功，无报错信息，获取结果文件。
基本选项：
✔ -h, --help：显示帮助信息；
✔ -i INPUT, --input INPUT：必选参数，指定输入FASTA文件的路径；
✔ -o OUTPUT, --output OUTPUT：指定输出文件的目录。如果没有提供，默认使用输入文件所在的目录。
序列处理选项：
✔ --cutoff CUTOFF：设置分割序列的长度阈值（默认值为200）；
✔ --nt：指定输入文件包含核苷酸序列（默认选项）；
✔ --prot：指定输入文件包含蛋白质序列。
可视化选项：
✔ --showplot：启用交互式显示图表（默认不显示）；
✔ --backend BACKEND：设置绘图的后端引擎（默认是 TkAgg），对于Mac用户，可以指定 MacOSX 以获得更好的兼容性。
以上为自定义长度≥1000bp和<1000bp序列长度分布图（PNG 格式）。
在结果文件中，还包含长度 ≥1000bp和<1000bp拆分后的fasta文件，seq_length_stats_by_cutoff_1000bp.txt文件可快速获取数据集的统计摘要。
参考文献
[1] Domínguez-Pérez D, Agüero-Chapin G, Leone S, Modica MV. SeqLengthPlot v2.0: an all-in-one, easy-to-use tool for visualizing and retrieving sequence lengths from FASTA files. Bioinform Adv. 2024 Nov 20;5(1):vbae183.
[2] https://github.com/danydguezperez/SeqLengthPlot
